Aspectos estadísticos de microarreglos
Profesor: Diana Kelmansky
Puntaje: 3 puntos (Lic. y Prof.)
Correlatividades: TP de Estadística I
Carga horaria: 5 horas semanales (teórico-prácticas)Carreras: Licenciatura en Matemática (Or. Pura y Aplicada, Profesorado en Matemática, Doctorado en Matemática
Breve descripción del curso:
1.Revisión de temas de biología molecular. Nivel de expresión
de genes. Oligos. Sensiblilidad y especificidad para un gen.
2.Microarreglos de uno y dos canales.
3.Diseño del experimento. Fuentes de sesgo.
Aleatorización. Controles locales.
4.Diseño de las sondas (probes) y diseño de las muestras dentro de cada arreglo. Controles potenciales para normalización.
5.Diseño entre arreglos. Tipos de muestras.
Replicación, técnica, biológica. Muestras individuales vs. muestras
combinadas. Muestras combinadas vs. muestras amplificadas.
6.Revisión de procedimientos básicos en R. Estructura
de datos en R. Estructura de datos de microarreglos y microchips.
Bioconductor.
7.Representación gráfica de un experimento. Comparaciones directas, indirectas y diseño de loop. Criterios de evaluación del diseño: Robustez extensibilidad y eficiencia. Eficiencia teórica vs. resultados empíricos.
8.Medidas del nivel de expresión de los genes. Cuantificación y normalización en datos de microchips de un canal. Corrección por intensidad del fondo.
9.Comparación de métodos de selección de genes
candidatos a estar expresados diferencialmente.
10.Clusters para datos de microarreglos. Diagnóstico y validación.
11.Clasificación.
12.Análisis de genes corregulados: Gene set enrichment analysis.
